Texte de la réponse à l'appel à proposition février 2007

Missions du CCT G-BioModeL

La création du Centre de Compétence et de Transfert pour la Génomique et la Modélisation des Biomolécules en Lorraine (CCT G-BioModeL) est la première étape d’un projet visant à assurer de façon perenne trois missions essentielles pour la Bioinformatique en Lorraine :
Conseil : analyse des demandes et identification des solutions possibles
Accès aux ressources locales ou distantes : maintenance et extension du portail web bioinfo (http://bioinfo.loria.fr), liens avec le Réseau National des Génopoles, avec les autres Plateformes de Bioinformatiques (CRIHAN, CBiB, BIPS)
Service et développements à façon : valoriser les logiciels issus de la recherche en Lorraine en les proposant sous forme de services, adapter des logiciels existants à des besoins particuliers, construire en concertation avec les biologistes demandeurs des interfaces et des bases de données pour une meilleure utilisation.

Objectifs de l'opération G-BioModeL 2007

L’opération G-BioModeL 2007 a pour objectifs :

• l’ouverture du CCT G-BioModeL en 2007 sous un mode expérimental.
• la réalisation en 2007-2008 de 3 projets pilotes servant à tester le modèle de fonctionnement du CCT.
• la définition et la mise en œuvre d’un modèle économique viable pour assurer la pérennité du CCT et des emplois qu’il pourra susciter.

Projets pilotes 2007-2013

P1. Modélisation 3D de biomolécules : étude des interactions protéine-ligand en milieu non aqueux (collaboration Jean-Marc Engasser, Laboratoire des Bioprocédés Agroalimentaires de l’ENSAIA, Nancy.)

P2. Génomique : annotation des génomes de champignons (collaboration avec Michel Chalot et Sébastien Duplessis, INRA UMR-1136 Interactions Arbres/Microorganismes, Champenoux et Université Henri Poincaré, Nancy)

P3. Valorisation : Mise à l’épreuve du logiciel VSM-G par le criblage virtuel de petites molécules pouvant se lier au domaine kinase de c-Met (collaboration avec Flavio Maina, Institut de Biologie du Développement de Marseille Luminy, CNRS UMR-6216, Marseille)

Equipes de recherche et personnel impliqué

• LORIA, projet Orpailleur :
  - Marie-Dominique Devignes (responsable, CR CNRS)
  - Bernard Maigret (co-responsable, DR CNRS)
  - Malika Smaïl-Tabbone (co-responsable, MdC Nancy-Université)
  - Vincent Leroux (Post-doc)
  - Alexandre Beautrait (Doctorant 3ème année)
  assistés de Laurent Pierron (IR INRIA)
• LORIA, service Relations Industrielles et Valorisation :
  - Vincent Zgueb
  - Philippe Schaeffer
• ENSAIA, Laboratoire Biocatalyse Bioprocédés :
  - Jean-Marc Engasser (Professeur INPL : Institut National Polytechnique de Lorraine)
  - Mohammed Gould (MdC INPL)
  - Catherine Humeau (MdC INPL)
• UMR 1136 INRA-UHP Interactions Arbre-Microorganisme :
  - Francis Martin (DR INRA)
  - Sébastien Duplessis (CR INRA)
  - Michel Chalot (Professeur UHP)
  - Claire Fourrey (MdC UHP)
• UMR 6216 CNRS-Université Méditerranée Institut de Biologie du Développement de Marseille-Lumigny :
  - Flavio Maina (DR CNRS)

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