Plateforme MBI

Applications développées dans le cadre de la bio-informatique en Lorraine.

Présentation de la plateforme MBI — by Marie-Dominique Devignes — last modified 2010-03-12 11:29

Le projet MBI a pour vocation de structurer des recherches interdisciplinaires sur la modélisation des biomolécules et de leurs interactions. Les travaux de recherches s'organisent autour d'une plateforme technologique et d'expérimentation, la plateforme MBI.

Procédure d'ouverture d'un compte au loria pour les utilisateurs mbi — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-12 12:14

Ce document explique la procédure à suivre pour ouvrir un compte au loria dans le cadre du projet mbi.

Caractéristiques matérielles et logicielles des serveurs de la plateforme MBI — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2012-10-01 19:16

Ce document donne une description des caractéristiques matérielles et logicielles des différents serveurs de la plateforme MBI

SIGffRid online — by Laurent Pierron — last modified 2008-01-10 23:22

SIGffRid :SIGma Factor binding sites Finder using R'mes to select Input Data. SIGffRid performs a simultaneous analysis of pairs of promoter regions of orthologous genes in Bacterial species. SIGffRid uses a prior identification of over-represented 3 to 7 letters long words in the whole genomes of the two bacterial genomes, as selection criteria for potential -35 and -10 boxes using R'MES program.

Koriblast — by Laurent Pierron — last modified 2010-03-07 16:11

KoriBlast is a reliable graphical software environment dedicated to facilitate the exploration of biological sequence databanks. It features a unified access to remote and local sequence and data repositories, an interface to design powerful search strategies combining batch sequence comparisons, data retrieval and data filtering, and a set of comprehensive viewers to analyse search results, sequence alignments, distance trees, features data, taxonomy data, 3D structures... and more.

PPREfinder — by Marie-Dominique Devignes — last modified 2008-01-28 17:06

Documentation and programs related to the PPREfinder project

ACGR — by Marie-Dominique Devignes — last modified 2007-09-15 18:25

Approach for Candidate Gene Retrieval : documents and softwares

VSM-G — by Alexandre Beautrait — last modified 2007-05-31 15:22

Virtual Screening Manager for the Grid : a platform for rational drug design

FungiMeP (accès internet) — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-17 10:26

FungiMeP is dedicated to membrane proteins of fungal organisms. The aims of the FungiMeP project are: 1. To develop a web-tool to give consensus prediction of membrane proteins topology. In its present version, « FungiMep » is an automatic server developed by Fabrice TOUZAIN for constructing consensus predictions for TM regions and for subcellular location from any fungal source. Although it can be used for proteins from other eukaryotic origin, it runs programs which options restrict its usage to fungal proteins. 2. To develop a relational database describing the predicted membrane proteins contained in fungal genomes (mainly basidomycetes) Fungal membrane proteins will be identified and clustered into families based on the TC classification (http://www.tcdb.org/tcdb/). This kind of database should support development of functional genomics in fungi. You will be able to search for putative membrane proteins of fungi which protein sequence align most significantly with the query protein sequence (BLASTP request). Alternatively, you will be able to search by one or more keywords for membrane proteins in genomes of many other fungi.

BioRegistry (accès internet) — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-16 17:18

Test collection of queries and relevant datasources to be retrieved by the BioRegistry system. Used for evaluating system performance in the paper by Devignes et al., submitted March 2009 to International Journal of Metadata, Smeantics and Ontologies.

SAMDB (accès intranet) — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-08 12:35

SAMDB is the database web server for the annotation of the Streptomyces ambofaciens genome.

Assemblage de Génome avec Phred-Phrap-Consed (accès intranet) — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-08 12:36

Cette interface web a été réalisée dans le cadre du CCT (Centre de Compétence et de Transfert). Elle a été concue pour le laboratoire de Genetique et Microbiologie UMR INRA 1120 dirigé par le professeur Leblond. Elle permet de réaliser l'assemblage de genome ou de séquence nucléotidique a partir de fichiers traces (encore appelé fichier sff ou chromatogrammes) ou à partir de fichiers multi-fasta.

MODIM (accès intranet) — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-08 12:50

The MODIM project is dedicated to biological applications of data mining. It allows users to create and execute tasks for mining and integration data in databases hosted on the local server gbmserv. It contains three features : 1) task creation which creates a task 2) task edition that lets you modify a task 3)task enactment which allows the execution of a task to collect data from remote database and to integrate them into a local database.

Comment copier des données d'une machine externe au loria vers une machine interne au loria et vice-versa — by Birama NDIAYE IJD — last modified 2010-03-07 15:28

La partition orpailleur du loria fait environ 75 Go de disque sauvegardé. Ces 75 Go sont partagés par tous les utilisateurs de l'équipe orpailleur, c'est à dire que tous les homes utilisateurs se trouvent sur cette partition. La transition de gros volume de données (due à des copies) sur cette partition peut perturber le travail des autres utilisateurs (ce qui arrive d'ailleurs souvent). Ce document a pour objet d'éviter cela. Ainsi on va expliquer comment copier des données volumineuses à partir d'une machine externe au loria vers une machine interne au loria sans passer par la machine frontale loria.loria.fr (partition orpailleur du loria).

Programme Coron sur le serveur gbmserv2 — by Renaud Grisoni — last modified 2012-08-28 15:00

CORON is a domain and platform independent, multi-purposed data mining toolkit, which incorporates not only a rich collection of data mining algorithms, but also allows a number of auxiliary operations. CORON also provides support for preparing and filtering data, and for interpreting the extracted units of knowledge. Project home page: http://coron.loria.fr Documentation: http://coron.wikidot.com